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Ao longo da história do Provoc, 19 instituições de ensino participaram do Programa. As escolas mantêm uma coordenação específica, responsável pela pré-seleção dos alunos e a interação com a coordenação do Programa. Atualmente, o Programa mantém parceria com 16 instituições, das quais 11 são escolas públicas, três da rede particular e duas organizações não governamentais. Três dessas instituições estão localizadas na Maré e em Manguinhos, territórios vulneráveis situados no entorno do campus da Fiocruz no Rio de Janeiro. No centro regional da Fiocruz em Minas Gerais o Provoc tem convênio com um colégio técnico e diversas escolas públicas estaduais. Já em Pernambuco, o Provoc é parceiro do Colégio de Aplicação da UFPE (veja lista abaixo).
A iniciativa de trabalhar com esses territórios surgiu no final dos anos 1990, a partir de uma ação que começamos a desenvolver com a participação do CEASM (Centro de Estudos e Ações Solidárias da Maré), uma ONG da comunidade da Maré que oferece cursos preparatórios para escolas técnicas. Por sua vez, a própria Fiocruz, na sua dinâmica interna, buscou a ampliação do Programa para as escolas da entorno. Assim, hoje, além do CEASM, o Provoc está articulado com a ONG Redes Maré e com o Colégio Estadual Clóvis Monteiro, situado em Manguinhos, também no entorno da Fiocruz, levando o Programa para alunos dessas comunidades.
Para o Provoc, inclusão social tem significado fomentar na equipe um olhar muito atento às especificidades dos jovens dessas comunidades, o que implica na mudança das formas de apoio para poder lidar com eles de maneira adequada às necessidades trazidas e às demandas das rotinas dos laboratórios e grupos de pesquisa. Assim, tem sido necessário envolver, de maneira cada vez mais próxima e estreita, os pesquisadores e laboratórios para uma ação integrada em torno de suas necessidades específicas, pois a complexidade das situações extrapola as questões meramente educacionais e de formação regular dos jovens do Programa. A participação no Provoc contribui para a formação de um universo de jovens que dificilmente teria acesso às formas de educação e trabalho acadêmico e científico voltadas para áreas do conhecimento que são contempladas no Programa, abrindo, assim, um novo horizonte de possibilidades de trabalho e desenvolvimento profissional.
Instituições de ensino Parceiras do PROVOC no Rio de Janeiro
Públicas
Colégio de Aplicação - UERJ
Colégio de Aplicação - UFRJ
Colégio Pedro II - Caxias
Colégio Pedro II - Centro
Colégio Pedro II - Engenho Novo
Colégio Pedro II - Humaitá
Colégio Pedro II - Niterói
Colégio Pedro II - Realengo
Colégio Pedro II - São Cristóvão
Colégio Pedro II - Tijuca
Colégio Estadual Professor Clóvis Monteiro (Manguinhos)
Particulares
Colégio São Vicente de Paulo
Colégio Metodista Bennett
Centro Educacional Anísio Teixeira - CEAT
ONGs
REDES Maré
Centro de Estudos e Ações Solidárias da Maré - CEASM
Instituições de ensino Parceiras do PROVOC em Pernambuco
Colégio de Aplicação da UFPE
Instituições de ensino Parceiras do PROVOC em Minas Gerais
Colégio Técnico da UFMG
Escolas Estaduais de Ensino Médio em Belo Horizonte