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Nos primeiros anos do Provoc, apenas o Instituto Oswaldo Cruz – IOC, unidade técnico-científica da Fiocruz, recebeu alunos de iniciação científica. Atualmente, 14 unidades participam do Programa, que ingressaram paulatinamente, conforme pode-se ver no quadro abaixo. Se, no início, houve uma concentração na pesquisa experimental na área de ciências biológicas, ao longo desses anos, ampliou-se o escopo de tal forma que, no século XXI, existe um conjunto de áreas envolvidas no Provoc que vai muito além daquela que lhe deu origem. Na medida em que se incorporaram áreas como história da ciência, patrimônio histórico, jornalismo científico e divulgação científica, o Programa também foi ampliando, o que nos colocou novos desafios.

Em 1996, já consolidado dentro da EPSJV e da Fiocruz como um programa institucional, o Provoc estabelece um novo marco: o Projeto de Ampliação e Descentralização, que obteve o apoio da Fundação Vitae, permitindo a criação do Programa nos centros regionais da Fiocruz em Belo Horizonte (CPqRR), Recife (CPqAM) e Salvador (CPqGM). Da mesma forma, através de convênios o Programa é implantado na área de Física no Centro Brasileiro de Pesquisas Físicas (CBPF), em Química no Centro de Pesquisas da Petrobras (CENPES) e em Informática na Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro (PUC-Rio). Um dos princípios norteadores desse processo foi a ideia de que os parceiros, com o tempo, deveriam assumir autonomia institucional para desenvolver atividades de gestão e coordenação pedagógica, próprias ao trabalho de formação científica de alunos do ensino médio. Sem essa autonomia, os centros teriam dificuldades para garantir o mesmo rigor e padrão de qualidade que o Programa possui dentro das Unidades da Fiocruz no Rio de Janeiro.